ידיעות רבות רכש הרמב"ם במדע הרפואה והתפרסם כרופא מומחה.
בעת שבתו במצרים שימש כרופא בחצר המלוכה של צלאח א-דין ועיקר שירותו היה אצל בנו של א-דין, אלפאצ'ל. מסופר גם כי "מלך הפרנקים באשקלון" ביקש רופא מקהיר, הצעה זו נמסרה לרמב"ם אך הוא דחאה. היו שהעריכו כי הכוונה לריצ'ארד לב הארי, אך זו כנראה טעות והמכוון, כנראה, הוא לאמלריק ה-ɪ .
באגרותיו מספר הרמב"ם על סדר יומו העמוס כאשר רוב יומו בילה בארמון המלוכה ואף כאשר חזר לביתו, טיפל בהמון שצבא על דלתו ועיין בספרי הרפואה.
כרופא ממשיך הרמב"ם את מסורת הרפואה היוונית העתיקה, בעיקר של גלינוס, אך גם עליו כתב באגרותיו כי: "חקרתי אותו בבחינה ובדקדוק". כתביו ברפואה (ראה בדף "חיבוריו") תורגמו במאה ה-13 לעברית וללאטינית ונלמדו באוניברסיטאות.
השפעתם ניכרת על הרפואה המערבית של ימי הביניים שחכמיה התפעלו מהניסוח הקצר והעיבוד השיטתי. ב"כירורגיה הגדולה" של גי דה שוליאק הוא נזכר 12 פעמים. הרופא היחיד שהזכיר הרמב"ם כמורו ("פרקי משה", מאמר כ"ב) הוא בנו של אבו מרואן אבן זהר.
